源泉所得税を税務調査で指摘される機会は、それほど多くはないといえるでしょう。
源泉所得税は給与や外注費の支払いの際に天引きする税金
従業員の方や法人の場合にはじぶんへ給与（役員報酬）を支払う場合には、一定の金額を超えたら源泉所得税というものを天引きしなければならないといえます。
そして、その天引きした源泉所得税は天引きした月の翌月10日までに金融機関などで支払わなければなりません。
また、外注費などを支払う際にも源泉所得税を天引きしなければならない業種が決められているので、そのような業種に該当する支払いには源泉所得税は関わってくるといえます。
たとえば、個人事業の税理士に報酬を支払う場合には、
「税抜き金額に10.21％をかけた金額。」を源泉所得税として天引きしなければならないルールになって場合があるものです。
さらには、非居住者の方や外国法人から不動産を購入した場合にも源泉所得税（10.21%）を天引きして支払わなければならない場合もあるといえます。
なので、支払いをする場合には「源泉所得税を天引きする取引なのかどうか。」ということには注意を払わないといけないといえるでしょう。
法人税や所得税の調査に合わせて調べられる源泉所得税
税務調査が行われる場合には、法人であれば法人税、個人事業主であれば所得税がメインに調べられていくといえます。
それとともに消費税や印紙税、そして源泉所得税も合わせて確認されるといえるでしょう。
税務調査というのはその連絡を受けた際に、
「今回の調査は所得税と消費税を確認するために行なうので、3年分の資料を用意してください。」といったように予め調べられる内容を伝えられたりもするものです。
なので、源泉所得税は単独で調べられるというよりは、法人税や所得税などの調査と合わせて税務調査の際に確認されるといえます。
それこそ、源泉所得税を単特で調査されるのは、公益法人や公共法人でもなければ「ない。」といえるかもしれません。
帳簿や請求書などを確認していく中で、
「同時に源泉所得税も確認していったほうが効率もいい。」といったことを調査官の方も考えているのでしょう。
それほど指摘される機会は多くない
そんな「源泉所得税の徴収漏れ」といったことを税務調査で指摘をされることは少ないといえるかもしれません。
なぜなら、給与などは給与計算ソフトを使っている場合には「明らかに間違っている。」ということが少ないからでしょう。
税理士への支払いも源泉所得税を天引きした金額をその税理士が請求書として出すので、天引きし忘れることもないといえるかもしれません。
たしかに、外注費にしていたフリーランスへの支払いを、
「実態としては外注ではなく雇用ですよね。。。」などと給与とみなされて源泉所得税の天引きを求められることは税務調査であったりするといえます。
とはいっても、そのような心配がない場合には源泉所得税に関しては心配しすぎなくてもいいものです。
源泉所得税の天引き漏れがあった場合には、不納付加算税（税務調査で指摘された場合には10％）というものもあるといえます。
ただ、その相手から源泉所得税を貰うことができた場合には、それほど大きな痛みはないといえるかもしれません。
なので、非居住者からの不動産の購入をするといった場合や実態のない外注には注意しなければならないといえますが、構えすぎる必要もないのが税務調査における源泉所得税だといえるでしょう。
